１．初台シェルター
２．黄泉比良坂→初台シェルター（崩壊後）
３．レジスタンス前線基地→新宿労働キャンプ
１．初台シェルター
・主人公の下にDB入隊試験の申請受け付け通知及び、適性検査が送られてくる。
・適性検査終了後、由宇香とDB第2部隊隊長の西野及び、隊員の早坂、英美、山瀬の5人と話をする。
・自室に戻ると、DB入隊試験許可の通知が来る。
・由宇香、西野、早坂、、英美、山瀬の5人と話をする。
・自室で休むと翌日になり、DB入隊試験の筆記試験が始まる
筆記試験正解＝血を流させる／新月／LIGHT／DARK／NO／能力値の偏向
精神力／非肉体悪魔にかける／NO／YES／NO／HP／とにかく逃げる
NO／YES／複数攻撃魔法が使えない／NO／NO／背面
ダイアモンド／NO／魔力／オーク／NO／あきらめて逃がす
・筆記試験終了後、バーチャルトレーナールームへ移動し、由宇香とペアを組んで実技試験を行う。
・実技試験終了後、待機中に部屋の外で爆発音が聞こえ、様子を見に行くか、待機するかの2択が発生する（実は試験の一環）。
・試験終了後、由宇香の部屋で話をしたあと自室に戻ると結果が通知される。（以下は合格時の展開）
・由宇香、西野、早坂、、英美、山瀬の5人と話をする。
・自室で休むと翌日になり、由宇香とともにDB詰所に行く。
・DB詰所で装備品の支給を受けた後、英美の部屋に移動し、プログラムをインストールしてもらう。
・DB詰所に戻った後、早坂も加えた3人でバーチャルトレーナールームに行き、由宇香と2人で戦闘訓練を受ける。
・再び詰所に戻ると解散となる。
・自室で休むと翌日になり、原宿シェルターより救援要請が届く。
・西野の部屋に行き、西野の妻に連絡を頼んだ後、詰所へ移動する。
・西野、由宇香、早坂、英美が独断で出撃する際に、一緒に行くか残るかの2択が発生。（以下は行った場合の展開）
・原宿シェルターの入り口は完全に封鎖されていて入ることが出来ず、管理部からの指示を受け帰還する。
・帰還後、管理部に呼び出され、由宇香の父の橘兼嗣に叱責され、自宅謹慎を命じられる。
・自室で休むと翌日になり、由宇香、西野、早坂、、英美、山瀬の5人と話をする。
・自室で休むと翌日になり、原宿シェルターより「悪魔撃退プロラム」が送られてきて、主人公、早坂、英美の3人の内誰かが解析を行う。（以下は英美が解析を行った場合の展開）
・自室で休むと翌日になり、由宇香、西野、早坂、、英美、山瀬の5人と話をする。（2回）
※シェルターB6F以上に悪魔が出現するようになる。
・自室で休むと翌日になり、早坂の部屋に行くと、英美がいなくなったと言われ、一緒に探すよう頼まれる。
・B6Fの食堂前で大量の食料を抱えた英美と遭遇する。
・自室で休むと翌日になり、由宇香が訪ねてきて、義妹が殺されて、一緒に葬式に来て欲しいと頼まれる。
・葬式の後、由宇香の部屋に早坂が訪ねてきて、英美に悪魔が憑依して由宇香の妹を殺したらしいことが判明する。
・西野、山瀬を交えた相談の結果、英美に憑依した悪魔を挑発して英美の体から引き離した後、殲滅する作戦を立てる。
・由宇香の部屋でラブシーンが発生。
・翌日、詰所に移動し、英美に憑依したムールムールを挑発、イベント戦闘発生。
・戦闘終了後、シェルターの機能停止命令が管理部から出されていることが判明。事実確認のために管理部へ向かう。
※以後、シェルター全域に悪魔が出現。
・B7F下り階段の下り階段の網膜キーが変更されており、下に降りることが出来なくなっている。
・病院の霊安室から、由宇香の妹の死体がゾンビ化して、下層部に移動した事が今回の事件の原因と判明。
・生存者をB6Fのファームへ移動させ、B6,7Fの封鎖作戦を実行。（山瀬がパーティより離脱）
・作戦実行中に、ゾンビ化した由宇香の妹が出現。主人公は気絶した由宇香を連れて病院へ退避。
・作戦終了後、早坂と二人でB6Fの食料庫に食料を取りに行く。
・食事終了後、下層の各階を封鎖した上で、ゾンビの駆除及び生存者の救出を行うクリーン作戦決行。
・B8F武器庫で装備を変更後、階段近くの部屋で生存者を救助。一旦B7Fに戻る。
・シェルター内に肉体を持った悪魔が出現し始め、ファームにいる山瀬と連絡が取れなくなったため、ファームに向かう。
・ファームにいた住民がゾンビ化あるいは悪魔化している。
・死んだ女、グレムリン、死んだ男、オーク、母子合体悪魔人と4連戦。
・戦闘終了後、B9Fの管制室にいる橘兼嗣より救援要請が来る。
・B9Fの管制室に行くと、兼嗣はムールムールに殺されており、由宇香も捕まえられる。
・由宇香を除いた5人でムールムールと戦闘になる。
・全滅後、ムールムールの仲魔が現れ、由宇香を惨殺し、貪り喰らった後、毒ガスを散布して立ち去る。
・予備の対化学戦スーツを着用するかどうかの2択が発生。（以下は着なかった場合の展開）
・管制室で意識を失う。
２．黄泉比良坂→初台シェルター（崩壊後）
・黄泉比良坂最深部で黄泉醜女と会話し、新たな能力に目覚めた上で蘇える。
・管制室で目覚め、DDC、DASを入手する。
・B8F武器庫、B6F食料庫でそれぞれアイテムを入手する。
・B5Fで故障したゲートロボットと戦闘。
・1F出口より外に出る。
３．レジスタンス前線基地→新宿労働キャンプ
・2Dマップを移動すると、逃げ出していた山瀬と再開。ダンタリアンとともに新宿労働キャンプに来るように誘われる。
・断ると戦闘が発生。（戦う相手はダンタリアンのみ）
・勝利すると、山瀬とダンタリアンは逃亡し、戦闘音を聞きつけたレジスタンスメンバーの園田と上河が現れる。
・2人に連れられてレジスタンスの前線基地へと移動する。
・前線基地でリーダーの渡邊や、幹部達に紹介された後、レジスタンスに身を寄せていた早坂、英美の2人と再会する。
・早坂、英美とそれぞれ2回ずつ会話した後、自室で休むと翌日、新宿解放作戦の作戦会議が始まり、陽動部隊として参加することになる。
・武器庫で装備を受け取った後、自室で休むと翌日になり、作戦が決行される。