ストーリー終盤のダンジョン、獅子宮・金牛宮・天蠍宮の3ヶ所のボスである、達哉・ギンコ・栄吉のシャドウとの戦闘では、通常のボス戦とは異なり、彼らのペルソナ同士も会話します。
ここでは、その会話の内容を記載しています。
1．獅子宮（VSシャドウ・達哉戦）
2．金牛宮（VSシャドウ・ギンコ戦）
3．天蠍宮（VSシャドウ・栄吉戦）
IN 獅子宮（VSシャドウ・達哉＆リバース・アポロ戦）
（戦闘開始前、達哉がアポロを降魔している場合）
シャドウ・達哉
感じるぞ･･･お前と、もう1人のお前を。
俺はお前の影･･･見ることはできても消せはしない
だが･･･
リバース・アポロ
我にはできる･･･
日輪は唯一無二が故に尊きもの･･･
いざ昏き炎で焼き尽くし、光の力我が物にせん！
アポロ
然り･･･影は闇に消えるが宿命。
いざ紅蓮の炎で薙ぎ払い、我真なる暁もたらさん！
（戦闘開始前、達哉がアポロを降魔していない場合）
シャドウ・達哉
そんなペルソナでは、俺は倒せん･･･
お前を殺し、俺がお前に代わってやろう。
さあ、抜け･･･
達哉
･････････
（戦闘終了後）
シャドウ・達哉
やるな･･･さすがは俺･･･
だが、たとえ俺に勝っても、影は消せない。
影はどこまでもお前に付き纏う。それを忘れるな。
（達哉がアポロを降魔している場合、以下を追加）
アポロ
我が現身よ･･･
汝が内なる天壌に、いざ、暁天の日は射した･･･
もはや、暗黒の御業も我らの宿弊ではない･･･
IN 金牛宮（VSシャドウ・ギンコ＆リバース・ヴィーナス戦）
（戦闘開始前、ギンコがヴィーナスを降魔している場合）
シャドウ・ギンコ
ムカつくくらい感じるよ。
お前ともう1人のお前を！
お前は邪魔だ。だから！！
リバース・ヴィーナス
大地に返してあげましょう･･･
私こそ、誠の妖美淫靡をもたらす凄艶の女神･･･
さあ、死の腕へ･･･
ギンコ
それはこっちのセリフ！！
ヴィーナス
私こそ、真の善美と愛を舞う、豊麗の女神･･･
私はこなた･･･こなたは私･･･
いざ、一つに･･･
ギンコ＆シャドウ・ギンコ
いっけーーーーーーー！！
（戦闘開始前、ギンコがヴィーナスを降魔していない場合）
シャドウ・ギンコ
口艾呀、なにそのペルソナ〜？
そんなんで、わたしにかてると思ってんの？
これなら、楽にわたしがお前になれそうね！！
ギンコ
させない！！
わたしの代わりは、誰にもできやしないもの！！
（戦闘終了後）
シャドウ・ギンコ
わかってると思うけど･･･これで終わりじゃないよ。
光は影と、影は光と離れられはしないんだ･･･。
ギンコ
今ならわかるよ。認めてあげる･･･
あなたがいる場所は、
わたしの心の中だってこと･･･
（ギンコがヴィーナスを降魔している場合、以下を追加）
ヴィーナス
私の現身よ･･･
こなたの内苑は、今、真に絶美な園となりました･･･
もう闇の業とて、怖るるものではありません･･･
IN 天蠍宮（VSシャドウ・栄吉＆リバース・ハーデス戦）
（戦闘開始前、栄吉がハーデスを降魔している場合）
シャドウ・栄吉
バッド！！フィィィリーング･･･
キミともう1人のキミは、勘に障るよ。
ビィコォォォズ！！
リバース・ハーデス
そなたを屠らねば、妾は真の冥王たれぬのじゃ･･･
さぁ、往生してたもれ･･･
栄吉
はん！！
冗談は顔だけにしやがれ！！
ハーデス
影が妾を屠るとは、片腹痛いわえ。
妾はそなた･･･そなたは妾･･･
いざ、添遂げようぞ・・・
栄吉＆シャドウ・栄吉
オラァァァァァァァァァ！！
（戦闘開始前、栄吉がハーデスを降魔していない場合）
シャドウ・栄吉
そんなペルソナで、ボクと戦おうっていうのかい？
まあ、楽にボクがキミになれるからいいけどね。
さぁ、グンナイ、栄吉！！
栄吉
るせー！！
ごたくは聞き飽きたぜ！！
（戦闘終了後）
シャドウ・栄吉
アンビリーバボー･･･
バット、これでジ・エンドなわけじゃない・・・
ボクはいつも、キミを見ているぞ･･･
栄吉
好きにしな･･･
てめえが俺だなんてこたぁ、わかってる。
（栄吉がハーデスを降魔している場合、以下を追加）
ハーデス
妾の現身よ･･･
そなたの中でニ身の妾が結ばれた。礼を言うぞえ･･･
今より光陰番いとなって、そなたを庇護しようぞ