ナキウサギ属Ochotona はナキウサギ科 Ochotonidae の唯一の属である。かつては他に５つの属が立てられたが，現在ではOchotona のシノニム（同物異名）とされる。それらは亜属として使われることがある。ナキウサギ属は，18種の化石種と18〜25種の現生種を含む。現生種の分類については研究者によって見解の相違がある。以下に Erbajeva（1988）， Smith et al.（1981），Feng & Zheng（1985）の紹介をし，細分的にまとめた分類を示す。和名は『世界哺乳類和名辞典』（今泉吉典監修1988，平凡社）と『動物大百科第５巻小型草食獣』(今泉吉典監修1986，平凡社 )からのものを付した。
１．Erbajeva, M.A. 1988（"The pikas of the Cainozoic era (taxonomy, systematics, phylogeny", 223pp. Nauka, Moskow. (in Russian)）の分類
genus Ochotona Link, 1795
化石種 （18種）
lagrelli Sclosser, 1924
antiqua Pidoplitshko, 1938
azerica Gadzhiev & Aliev, 1969
pseudopusilla Gureev & Schevtschnko, 1964
spanglei Shotwell, 1956
gromovi Erbajeva, 1976
intermedia Erbajeva, 1976
sibirica Erbajeva, 1988 (nom. nov.)
==minor ** 1976, not lagrelli minor Bohlin
tologoica Chabaeva, 1958
polonica Sych, 1980
nihewanica Qiu, 1985
zazhigini Erbajeva, 1988
bazarovi Erbajeva, 1988
zasuchini Ervajeva, 1988
whartoni Guthrie & Matthews, 1971
dodogolica Erbajeva, 1966
gureevi Erbajeva, 1966
transcaucasica (Vekua, 1967)
現生種 （７亜属21種）
subgenus Lagotona Kretzoi, 1941 [p.99]
pusilla (Pallas, 1768) ステップナキウサギ
subgenus Pika Lacepede, 1799
alpina (Pallas, 1773) タカネナキウサギ
hyperborea (Pallas, 1811) キタナキウサギ
princeps (Richardson, 1828) アメリカナキウサギ
collaris (Nelson, 1893) クビワナキウサギ
pallasi (Gray, 1867) アルタイナキウサギ
=pricei
subgenus Conothoa Lyon, 1904
roylei (Ogilby, 1839) ヒマラヤナキウサギ
macrotis (G nther, 1875) オオミミナキウサギ
angdawai Biswas & Khajuria, 1955
=mitchelli Agrawal & Chakraborty, 1971
lama Mitchell & Punzo, 1975
himalayana Feng Tso-chien, 1973
subgenus Ochotona Link, 1795 [p.154]
daurica (Pallas, 1776) ダウリアナキウサギ
curzoniae (Hodgson, 1858) クチグロナキウサギ
rufescens (Gray, 1842) アフガンナキウサギ
subgenus B chneria Erbajeva, 1988 [p.170]
erythrotis (B chner, 1894) チュウゴクアカナキウサギ
kamensis Argyropulo, 1948 カムナキウサギ
ladacensis (G nther, 1875) ラダックナキウサギ
rutila Severtzov, 1873 アカナキウサギ
subgenus Tibetolagus Argyropulo, 1948 [p.183]
koslovi (B chner, 1894) コズロフナキウサギ
subgenus Argyrotona Rekovez, 198* (in litt.) [p.186]
thibetana (Milne-Edwards, 1871) チベットナキウサギ
thomasi Argyropulo, 1948 トマスナキウサギ
２．Smith, A.T., M.L. Weston, R.M. Mitchell, H.E. Broadbooks & O.L. Rossolimo, 1981 (Proc.World Lagomorph Conf. 1979:xvii)の分類
世界に１８種を認めている．
alpina (Pallas, 1773)
=hyperborea
roylei (Ogilby, 1839)
=angdawai Biswas & Khajuria, 1955
=forresti
=mitchelli Agrawal & Chakraborty, 1971
=nepalensis
=himalayana Feng Tso-chien, 1973
３．Feng, Z. & C. Zheng, 1985 (Studies on the pikas (Genus Ochotona) of China - taxonomic notes and distribution. Acta Theriol. Sinica, 5:269-289. in Chinese with English key and abstract)の分類
中国産のナキウサギ, 特にcansus，forresti, curzoniae, macrotis, gloveri,
muliensis, hyperboreaの分類学的地位について検討し，中国産１７種，世界で２１種を認めている．
cansusはthibetanaによく似ているが，分布の重なる地域で中間型は見られないので独立種である．
forrestiはthibetana に類似するが形態学的な５点で異なっている．
curzoniaeはdauricaに近縁であるが形態学的検討と血清蛋白の電気泳動の比較からみて，dauricaの亜種ではなく独立種である．
macrotisはあきらかにroyleiに近いが，形態学的な３点で異なる．macrotisはチベット高原と他の高山に分布し，royleiは比較的温暖湿潤なカシミールとHengduan山系に主に分布する．royleiは冬に乾草を貯えるが，macrotisは貯えない．さらに検討が必要だがmacrotis独立種とすべきだろう．
gloveriはGureev(1964)ではerythrotisのシノニムとされている．しかし，形態学的な４点で異なる．森林近くの岩礫地に生息するgloveriは岩の間に住み，灌木−草原に生息するerythrotisは険しい地形や崖に住む．brookeiとkamensisはgloveri に含めた．
muliensisはPen & Feng (1963)ではgloveriの亜種とされているが，形態学的ないくつかの点で異なる．
hyperboreaについては，Vorontsov & Evannetskaja (1973)の核型研究がある（hyperboreaは2n＝40，alpinaは2n＝42)が，暫定的にalpinaに含める．
subgenus Pika Lacepede, 1799
alpina (Pallas, 1773) タカネナキウサギ
pallasi (Gray, 1867) アルタイナキウサギ
ladacensis (G nther, 1875) ラダックナキウサギ
erythrotis (B chner, 1894) チュウゴクアカナキウサギ
gloveri Thomas, 1922
muliensis Pen & Feng 1962
rutila Severtzov, 1873 アカナキウサギ
subgenus Ochotona Link, 1795
thomasi Argyropulo, 1948 トマスナキウサギ
cansus Lyon, 1907 カンシュクナキウサギ
thibetana (Milne-Edwards, 1871) チベットナキウサギ
forresti Thomas, 1923
himalayana Feng, 1973 ヒマラヤナキウサギ
daurica (Pallas, 1776) ダウリアナキウサギ
curzoniae (Hodgson, 1858) クチグロナキウサギ
roylei (Ogilby, 1839) ロイルナキウサギ
macrotis (G nther, 1875) オオミミナキウサギ
koslovi (B chner, 1894) コズロフナキウサギ
中国以外
princeps (Richardson, 1828) アメリカナキウサギ
collaris (Nelson, 1893) クビワナキウサギ
pusilla (Pallas, 1768) ステップナキウサギ
rufescens (Gray, 1842) アフガンナキウサギ
４． 細分的まとめ
世界に２５種となる．
1. alpina タカネナキウサギ
2. angdawai
3. collaris クビワナキウサギ
4. curzoniae クチグロナキウサギ
5. daurica ダウリアナキウサギ
6. erythrotis チュウゴクアカナキウサギ
7. forresti
8. gloveri
9. hymalayana ヒマラヤナキウサギ
10. hyperborea キタナキウサギ
11. kamensis カムナキウサギ
12. cansus カンシュクナキウサギ
13. koslowi コズロフナキウサギ
14. ladacensis ラダックナキウサギ
15. lama
16. macrotis オオミミナキウサギ
17. muliensis
18. pallasi アルタイナキウサギ
19. princeps アメリカナキウサギ
20. pusilla ステップナキウサギ
21. roylei ロイルナキウサギ（ヒマラヤナキウサギ）
22. rufescens アフガンナキウサギ
23. rutilla アカナキウサギ
24. thibetana チベットナキウサギ
25. thomasi トマスナキウサギ