K.UEHARAさん、初めまして。
和香と申します。
ＨＰをアップロードする方法は、FTPソフトによるアップ（世間一般の方法）、ファクトリーでアップ（Just特有の方法）の二つがあるようです。
K.UEHARAさんは、ファクトリーでアップのほうを採用されているのだと思います。
＞ アップする際に、/cgi-bin/部分が削除されたのでしょうか。
おっしゃるとおりです。
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ファクトリーでアップの場合、おおむね次のような手順となります。
１） ＨＴＭＬ原稿を作成する。
※ 一太郎原稿をＨＴＭＬ変換した場合、リンクは「ローカルリンク」となる場合が多い。
２） ファクトリーで、ヘルパーアプリケーション（ホームページポストヘルパー）を起動。
３） トップページを選択。
４） リンク検索ボタンで、トップページに繋がるＨＴＭＬ文書、画像等を呼び出す。
５） リンク自動書き替え機能が働いて、「ローカルリンク」がサーバー上でも通用する形に、書き替えられる。
６） アップする。
「ローカルリンク」というのは、ご自分のパソコン内でだけリンクがつながり、ネット上では通用しない形です。
K.UEHARAさんのご紹介くださったソースで言えば、
<IMG SRC="file:///B:/インターネット/ハムホームページ/HA-ODORI2.GIF">
これらがそうです。
HA-ODORI2.GIF
という画像を、パソコンのＢドライブの中へ捜しにいくということになります。
K.UEHARAさんのパソコンのＢドライブの中になら、この画像はたしかにあると思います。が、他の人のパソコンのＢドライブの中にはないでしょうから、このままの形では、ネット上では通用しません。
そこで、上の５）にあります通り、リンク自動書き替え機能によって、
<IMG SRC="HA-ODORI2.GIF">
という形へ直します。これは同じフォルダ内にあるこの画像にリンクしているという意味ですので、ネット上に画像が送られていれば（または同時に送るのなら）ＯＫとなります。
↓
さて、問題のアクセスカウンタ部分ですが、上記のリンク自動書き替えの際に、ローカルリンクの形と同じなために、一緒に削られてしまうと考えられます。
K.UEHARAさんの責任ではなく、この機能の不備またはJustの説明不足では、と思います。
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対策としては、リンク自動書き替えが済んでから、アップする直前に、・・・上で言えば５）と６）の間に・・・、アクセスカウンタを載せてあるページを指定して「編集ボタン」を押します。
このソースがメモ帳などで立ち上がります。すでに削られているはずですから、該当行に/cgi-bin/部分を書き加えて、「上書き保存」します。
その上で、アップすれば、問題なくアクセスカウンタは表示されるはずです。
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別の方法もあります。
このリンク自動書き替え機能は、file:で始まる絶対パスや、通常の相対パスは削ってしまうのですが、一般の外部リンクなどは手を付けません。
私の例ですが、
<img src="http://www2.justnet.ne.jp/cgi-bin/counter?df=waka">
または、
<img src="http:/cgi-bin/counter?df=waka">
という形にしておけば、削られることはないと思います。
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みなさん。
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ではまた。 （＾＾）