あくまで主観です。
ゲームソフトの場合
新品を発売日から一ヶ月ぐらいの間に買うつもりならば、アマゾンは結構お得です。
割引率は、一般店舗より少し良いですし、ゲームソフトの場合、だいたい五千円を超すので送料も無料。
かつてはネックだった支払い方法も、ネットバンキングやＡＴＭからの直払いが可能になってます。
欠点としては、店舗特典がない。最近は、特定店舗が店舗限定の初回特典（ソフマップだと、テレカ。コナミスタイルだと、オリジナルグッズ等々）をつけたりしますので、それが目当ての場合は、劣ります。
また、宅配の到着に若干のムラがあり、発売日にお届け。と良いながら、一週間遅延した。と言うのも良く聞きます。
さらには、投稿型のレビューを募集しているので、裏ルートで発売日前に入手、クリアしてしまった連中が、好き放題ネタバラシをしている例もあったりします。コレは、まぁ、レビュー見なければ回避出来ます。
よって
新品を発売月に購入する予定。店舗で予約手続きが面倒or恥ずかしい方。予約店舗が遠くにある。などの条件が当てはまる人にとっては、なかなか良い購入ルートと思います。
書籍の場合
なかなかレアな書籍も取り扱っているので、一般店舗よりも使い出は十分にあります。基本的に、在庫として商品を管理しているので、妙な客に、本をボロボロにされる（商品なのに折るドッグイヤーってやつ）心配が無く、立ち読みもされない（年配に多い、唾を付けてめくるとか）ので、そう言う事が気になる方にはベストでしょう。
正社員の多い大型店舗ならともかく、パートやアルバイトがメインの店舗では、書籍の注文方法が良く分からず、延々と待たされたり、中継ミスで他店舗に送られていたり（体験しました）と、トラブルは少なくありません。ネット注文では、そうした事はまずありません。
欠点としては、直接手に取れないため、購入してみたら、ダメダメだった。と言うこともあり得ますが、最近の店頭型店舗でも、大抵、立ち読み防止措置がしてあり、サンプルページがある分、ネット店舗のがマシだったりもしますが。
全く読んだ事がない学術書や資料などを買う場合は、少々不利かも知れません。
ＵＳＥＤの場合
アマゾンは、基本が一般小売り店であるため、中古関連は軒並み弱いです。提携している店舗が、中古販売してますが、普通の中古ソフト屋やネットオークションのが遥かに安価で、手数料なども安くできる為、中古関連で、アマゾンを利用する価値は、少々低いと思われます。
店頭で買うのが恥ずかしいような本を買うときには便利かも知れませんが。